JPIP terdiri dari: Direktur Eksekutif, Deputi, Peneliti, Office Manager dan General Admin. 

• Direktur Eksekutif: Rohman Budijanto

Direktur Eksekutif adalah pemimpin tertinggi di JPIP yang bertanggung jawab memimpin jalannya organisasi sehari-hari. Tugas dan wewenang Direktur Eksekutif adalah merencanakan, melaksanakan, dan memantau serta mengevaluasi semua proses bisnis dalam organisasi. Selain itu juga memiliki kewenangan mewakili organisasi untuk melakukan perbuatan hukum dengan pihak ketiga di luar organisasi.

• Deputi Direktur: Hariatni Novitasari

Deputi di JPIP adalah wakil Direktur Eksekutif yang tugas utamanya membantu Direktur Eksekutif dalam menjalankan organisasi sehari-hari. Deputi bertugas melaksanakan rencana yang ditetapkan oleh Direktur Eksekutif dan membantu Direktur Eksekutif dalam pengelolaan internal organisasi. Wakil juga akan bertindak sebagai pengganti sementara jika Direktur Eksekutif tidak dapat menjalankan tugasnya.

• Peneliti: Rhido Jusmadi, Rosdiansyah, Ahmad Faizin Karimi

Para peneliti JPIP mempunyai latar belakang keahlian atau kompetensi di berbagai bidang, diantaranya kebijakan publik (public policies), tata kelola pemerintahan (governance), politik lokal (local politics), hukum, dinamika sosial dan ekonomi lokal. Mereka telah melakukan penelitian secara luas sekaligus mendalam terhadap inovasi program daerah dan dinamika daerah yang kemudian hasil-hasil penelitiannya telah terpublikasi luas. Dalam kondisi dan situasi tertentu, JPIP juga merekrut peneliti dengan kualifikasi khusus.

• Office Manager: Aditya Permana Putra, Muthmainah

Office Manager bertugas dan bertanggung jawab atas penyelenggaraan administrasi umum dan pengelolaan keuangan JPIP. Membuat jurnal keuangan; sebagai bendahara kantor; memelihara dan menginventarisasi aset kantor, dan bersama-sama dengan Direktur Eksekutif menjadi pihak yang berwenang atas pembukuan kantor.

• General Admin: Feri Sulistiyo

Admin Umum bertanggung jawab atas area kantor umum seperti: dokumentasi; file; pemeliharaan aset kantor, pengoperasian dan pemeliharaan sistem elektronik dan teknologi informasi kantor serta sewaktu-waktu jika diperlukan untuk membantu Admin Keuangan dalam pembuatan laporan keuangan proyek.