Beberapa portofolio proyek yang pernah dikerjakan JPIP adalah sebagai berikut:
• JPIP telah aktif terlibat dalam isu inovasi dan pelayanan publik melalui proses OA sejak tahun 2001 hingga 2014. JPIP telah mengumpulkan inovasi dan memberikan penghargaan kepada pemerintah daerah (pertama di Jawa Timur, dan sekarang juga di Sulawesi Selatan, Kalimantan Timur, Kalimantan Selatan, dan Kalimantan Barat) yang telah berhasil menghasilkan praktik terbaik dalam pelayanan publik dan pengentasan kemiskinan. Pengalaman JPIP di masa lalu menunjukkan bahwa OA efektif untuk meningkatkan kesadaran di kalangan pemerintah daerah untuk mereplikasi praktik terbaik. Upaya JPIP dalam mendukung diseminasi dan mereplikasi praktik terbaik telah mendapat dukungan dari donor internasional, seperti USAID, CIDA, JICA, dan GIZ.

• Proyek RTI-KINERJA: Kegiatan Pembangunan dan Pelaksanaan Hasil Anugerah Otonomi di Jawa Timur, Sulawesi Selatan dan Kalimantan Barat 2011-2012)
• Monitoring dan Evaluasi Otonomi Daerah Melalui Pemeringkatan dan Perkembangan Kompetisi di Lima Daerah Pemantauan: Provinsi Jawa Timur, Provinsi Sulawesi Selatan dan Provinsi Kalimantan Timur, Nusa Tenggara Barat dan Gabungan Provinsi Jawa Tengah – Provinsi Yogyakarta 2011-2012)
• Memajukan peran media untuk meningkatkan kesadaran pembaca dan meningkatkan kapasitas jurnalis lokal melalui AKUNTABILITAS! dengan dukungan USAID-SIAP II (April 2012-September 2014).
• Proyek AIPD melalui program peningkatan kapasitas jurnalis untuk mengawasi APBD dan pembangunan daerah pada tahun 2013)
• JPIP tahun 2017-2019 menjalankan Ayo Inklusif! di bawah konsorsium Mitra Kunci yang didanai USAID dalam program Inclusive Workforce Development (IWD) yang memberikan pelatihan dan kesempatan kerja bagi pemuda penyandang disabilitas di Surabaya dan Malang dalam rangka memberdayakan kelompok miskin dan rentan agar kompatibel dalam bekerja.

Tahun 2021, menjalankan Proyek Bantuan Teknis Pengembangan Rumah Inovasi sebagai Pusat Pengelolaan Pengetahuan Inovasi Publik di Jawa Timur, merupakan kegiatan untuk mendukung Biro Organisasi Sekda Provinsi Jawa Timur (Biro Organisasi Setda Provinsi Jawa Timur) dengan pendanaan dari KOMPAK.